La Corporación, inició labores en el Barrio de Manga de la ciudad de Cartagena con el Programa en Licenciatura en Educación Preescolar el 6 de abril de 1987. Posteriormente, en febrero de 1991, la sede se traslada al sector amurallado de la ciudad a una casa colonial ubicada en la Calle de la Soledad, en la cual se da apertura al programa de Licenciatura en Educación Especial, con jornada diurna, y el pregrado de Contaduría Pública en Jornadas diurna y nocturna. Tres años más tarde, en 1994 se inician los Programas de Derecho y de Instrumentación Quirúrgica.
Los programas señalados, se constituyeron en solución a algunas carencias en cuanto a formación disciplinar específica en la ciudad. De esta manera, la Licenciatura en Educación Especial fue la única existente en la región, y la Licenciatura en Educación Preescolar, es sólo la que se ofrece en la ciudad de Cartagena, a nivel profesional. Actualmente se preserva el programa de Licenciatura, ofreciendo el programa de Pedagogía Infantil.

En cuanto al programa de Contaduría Pública y Derecho se propuso la jornada nocturna en la ciudad. El primero, se caracterizó por ser el segundo programa en Cartagena en este horario. En lo referente al programa de Derecho se destacó por ser el único en esta modalidad en nuestro entorno. Lo anterior, satisface los intereses de muchas personas, imposibilitadas para asistir en jornada contraria.

Por su parte, el Programa de Instrumentación Quirúrgica, se inició a nivel tecnológico, convirtiéndose al poco tiempo al orden de los programas profesionales, en la única opción de esta naturaleza académica en la ciudad de Cartagena, y el Departamento. El programa apuntó a satisfacer la demanda de la profesionalización de las instrumentadoras empíricas, quiénes se beneficiaron de este, para obtener su título a nivel profesional.

Posteriormente, en el año de 1997 inician labores académicas los Programas de Bacteriología, Enfermería, Administración de Empresas e Ingeniería de Sistemas, siendo los dos últimos, exitosamente acogidos en la jornada nocturna.
En el 2003, la Corporación Universitaria Rafael Núñez, inicia un proceso de extensión a otras localidades del Caribe Colombiano, ofreciendo en la ciudad de Barranquilla, el Programa de Derecho, en modalidad presencial, a la fecha cuenta con seis promociones de graduados. Así mismo, en el 2011 se abre la Tecnología en Estética y Cosmetología; 2013 Tecnología en Mecánica Dental y Trabajo Social, y en el 2014 el programa de Enfermería.

Paulatinamente la Corporación avanza en su proceso de desarrollo y continúa ofertando nuevos programas de pregrado y programas en tecnologías como: los pregrados de Medicina, Odontología, Ingeniería Civil y Arquitectura, los cuales se inician en febrero de 1999; las tecnologías en Mecánica Dental, Tecnología en Estética y Cosmetología y Tecnología en Atención Pre Hospitalaria, se gestan en 2008, respectivamente. Para este mismo año, la CURN, ya se planteaba la posibilidad de desarrollar programas técnicos, tecnológicos y profesionales por ciclos propedéuticos, de acuerdo a la Ley 1188 del 2008.

Por otra parte, en el año 2010 se realiza la apertura de la Tecnología en Sistemas de Información y Software, y la Tecnología en Contabilidad Sistematizada. La Corporación da paso a la Formación por Ciclos Propedéuticos, reglamentado por la Ley 749 de 2002, del Ministerio de Educación Nacional, específicamente en las áreas de ingenierías, las tecnologías y la administración. La formación propedéutica permite el fortalecimiento de las instituciones de educación superior, el crecimiento del sector laboral; y al individuo le ofrece la ventaja de mejorar su formación de forma flexible y complementaria. Para el 2011, la apertura del Programa de Trabajo Social, recientemente acreditado en modalidad Profesional, completa nuestra oferta académica de calidad.

Por último, el programa de Licenciatura en el 2017-02 empieza su primera corte de Especialización en Educación y Diversidad única en el país.